Les sciences du numérique au service de la santé

Vue d’ensemble :
Le workshop thématique du DSTN est une série de réunions d’une demi-journée réunissant les membres de notre réseau et des partenaires externes invités pour discuter autour d’un sujet scientifique (Big Data et, Intelligence artificielle de confiance, IoT et SDN dans les zones faiblement connectées, Cybersécurité, Calcul haute performance, et Science des données) ou d’un domaine d’application (e-Santé, e-Agriculture, e-Education, e-Environnement, Smart City). Il permet d’identifier les forces et la complémentarité des partenaires sur chaque sujet, de promouvoir la mise en réseau et la collaboration pour postuler à l’appel à équipe de recherche du DSTN et à d’autres appels à financement, d’identifier les besoins et les opportunités de conférences et de formation pour les ACE.

À propos du workshop thématique « Les sciences du numérique au service de la santé » :
Ce workshop vise à mettre en lumière les résultats scientifiques, les innovations et les projets en cours de notre réseau dans le domaine de la santé. Notre invité spécial est le Réseau Ouest Africain pour les Maladies Infectieuses ACE (WANIDA).

Du 18/12/2020
Au 18/12/2020

Programme

Session chair : Dr. Gaoussou Camara, DSTN Coordinator, gaoussou.camara@uadb.edu.sn

09.00 – 09.05
Opening DSTN Leader

09.05 – 09.20
Présentation du Réseau de Sciences et Technologies Numériques (DSTN)
Prof. Maissa Mbaye, maissa.mbaye@ugb.edu.sn
DSTN Leader

09.20 – 09.35
Presentation of the West African Network for Infectious Diseases ACE (WANIDA)
Ms Olivia R Koupaki, orkoupaki@ug.edu.gh
WANIDA Coordinator

09.35 – 09.55
Titre : Développement d’applications de santé mobiles et en nuage pour la plate-forme génomique fédérée (FEDGEN)

Intervenant : Dr. Joke Badejo, CApIC ACE, joke.badejo@covenantuniversity.edu.ng

Résumé : L’Afrique subsaharienne a été jusqu’à présent accablée par de multiples problèmes de santé, tels que le paludisme permanent et l’épidémie émergente de cancer du sein pour les femmes et de cancer de la prostate pour les hommes. Ces problèmes de santé ne sont pas correctement abordés en raison de la rareté des applications construites à partir des ensembles de données génomiques (et autres « omiques ») indigènes qui sous-tendent ces maladies. L’un des objectifs spécifiques de CApIC-ACE dans le cadre du projet ACE Impact est le développement de l’infrastructure informatique en nuage (c’est-à-dire le centre de données) de Federated Genomics (FEDGEN) afin de mettre la recherche et le développement basés sur la génomique à la portée de la population africaine. S’appuyant sur le partenariat unique entre CApIC-ACE et CEA-MITIC (avec leurs partenaires universitaires et industriels), ce projet de développement vise à concevoir, développer et déployer des applications mobiles et en nuage avec des services intégrés basés sur l’intelligence artificielle pour diffuser des informations sur la santé liées au paludisme, au cancer du sein et de la prostate sur la plateforme FEDGEN. Ces applications contiendront également un module de conservation, d’archivage et d’accès aux ensembles de données pour la recherche et l’éducation. Par conséquent, ce projet aboutira au déploiement et à la commercialisation des applications, ainsi qu’au renforcement des capacités par le biais de stages, de la supervision conjointe d’étudiants et de diplômes de troisième cycle.

Bio : Joke Badejo est titulaire d’un baccalauréat en technologie de l’Université de technologie Ladoke Akintola, au Nigeria, en 2003, d’une maîtrise et d’un doctorat de l’Université Covenant, au Nigeria, respectivement en 2007 et 2015, tous en génie informatique. Elle est actuellement professeur adjoint au département de génie électrique et informatique de l’université Covenant, au Nigeria. Au cours de son doctorat, elle a reçu une bourse de l’International Association for Pattern Recognition et du MORPHO en 2012 pour une formation en biométrie et a également été étudiante invitée au Biomedical Signal Analysis Laboratory de l’université Clarkson, Potsdam, NY, États-Unis, en 2015. Ses intérêts de recherche comprennent la biométrie et l’analyse d’images biomédicales, l’apprentissage automatique, l’analyse de données et le génie logiciel. Elle dirige actuellement l’équipe d’analyse des données qui soutient la prise de décision axée sur les données à l’Université Covenant. Elle est membre de plusieurs organismes professionnels tels que le Council for the Regulation of Engineering in Nigeria (COREN) et l’Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE). Joke aime être une universitaire et aime apporter des solutions efficaces et rentables aux problèmes d’ingénierie sociétale en Afrique.

09.55 – 10.15
Titre : Contributions génétiques et environnementales à la prévalence du paludisme au Sénégal et en Côte d’Ivoire.

Intervenant : Dr. Seydou Nourou Sylla, ACE MITIC, nourou03@gmail.com

Résumé : Ce projet participe à la mise en place de méthodes et d’outils d’analyse statistique des données environnementales, climatiques et génétiques et de leurs associations avec les données épidémiologiques et parasitologiques, tout en garantissant la validité et la fiabilité des résultats, dans un contexte de répétitions non indépendantes d’observations pour un même sujet. En effet, dans la population africaine, les liens de parenté sont assez forts et le suivi longitudinal réalisé depuis plusieurs années dans les zones d’étude a permis d’acquérir des observations répétées et corrélées dont il faut tenir compte. En plus de ces problèmes, ce projet prendra en compte la spécificité environnementale et climatique des pays africains dans le diagnostic des maladies infectieuses qui est un aspect important dans la recherche actuelle.

Bio : Le Dr Seydou Nourou Sylla est titulaire d’un doctorat en mathématiques appliquées, spécialisé dans l’apprentissage automatique et le big data, à l’Université Gaston Berger de Saint-Louis au Sénégal. Il est consultant externe au sein de l’Organisation ouest-africaine de la santé. Le Dr Sylla a été chercheur postdoctoral à l’Institut Pasteur de Dakar, au sein du groupe G4-BBM. Au sein de ce groupe, il a travaillé sur l’apprentissage automatique et le Big Data sur des données génétiques, épidémiologiques et environnementales. Le Dr Sylla a travaillé dans l’équipe du projet MISTIS (Modélisation et Inférence de Phénomènes Aléatoires Complexes et Structurés) à l’Institut National de Recherche en Informatique et Automates (INRIA) de Grenoble en France. Il a également été statisticien-modéliste à l’Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (URMITE) de l’Institut de recherche pour le développement (IRD) de Dakar au Sénégal.

10.15 – 10.35
Titre : Prédire les maladies cardiaques avec des classificateurs multiples

Intervenant : Mr Charly Gnoguem, ACE SMIA, charly.gnoguem@imsp-uac.or

Résumé : Les maladies cardiaques sont l’une des principales causes de morbidité et de mortalité dans le monde. Environ 18 millions de personnes meurent chaque année de maladies cardiaques. Étant donné que les données sont générées quotidiennement par plusieurs sources et sous différents formats, leur prédiction opportune, précise et rentable est impérative pour les réformes cliniques. L’apprentissage automatique est réputé pour son efficacité dans la prédiction des maladies cardiaques à partir de données médicales. Les corrélations complexes présentes dans les ensembles de données médicales augmentent la complexité de la prédiction des maladies cardiaques. Dans cet article, une nouvelle technique hybride est proposée pour améliorer la prédiction des maladies cardiaques. L’objectif de cette méthode est de réduire les faux négatifs pour améliorer les soins aux patients. La méthode proposée attribue des poids à quatre classificateurs, chacun construit avec l’un des quatre algorithmes réputés – arbre de décision, Random Forest, K-Nearest Neighbor et régression logistique. La classe finale d’une nouvelle instance est prédite par la somme maximale pondérée des prédictions des classificateurs. Cette méthode est comparée aux méthodes déjà existantes, et une amélioration de la précision (92,10%) et de la sensibilité (94,59%) ainsi qu’une réduction drastique des faux négatifs sont observées avec le jeu de données Cleveland.

Bio : Charly N. Gnoguem est un étudiant de dernière année à l’Université d’Abomey-Calavi et suit actuellement un doctorat en intelligence artificielle. En tant qu’étudiant en intelligence artificielle, il s’est entraîné à être très performant dans des domaines connexes tels que l’apprentissage automatique, l’apprentissage profond, l’analyse et la gestion des données volumineuses, la veille économique et les systèmes multi-agents. Il a étudié l’ingénierie informatique au niveau du premier cycle, après quoi il a travaillé avec plusieurs entreprises en tant que consultant en logiciels. En 2018, il a entrepris un MSc en systèmes d’information à l’institut de mathématiques et de physique (IMSP-UAC).

10.35 – 10.55
Titre : COVID-19 – Une pandémie GLOBALE nécessitant des solutions LOCALES

Intervenant : Dr. Yaw Bediako, ACE WACCBIP, ybediako@ug.edu.gh

Résumé : Depuis décembre 2019, le SRAS-CoV-2 a infecté plus de 8,2 millions de personnes et tué plus de 442 000 personnes dans plus de 160 pays du monde. Après un démarrage relativement lent, le nombre de cas au Ghana (et en fait dans une grande partie de l’Afrique) a commencé à augmenter rapidement avec 30 % du total des cas et des décès signalés jusqu’à présent. Les réalités socio-économiques ont rendu difficile l’application de politiques de confinement général (mise à l’abri). La propagation communautaire est en cours et va probablement se poursuivre. Malgré certains efforts du gouvernement, le grand public reste mal informé sur le COVID-19 et l’adhésion aux protocoles de santé publique est mitigée. Une grande partie de la population se méfie également du gouvernement, car elle perçoit un manque de transparence dans le traitement des données. Notre recherche vise à fournir une plateforme de données en temps réel, intuitive et accessible au public, qui donne un aperçu de la dynamique et des schémas de transmission de l’épidémie de SRASCOV-2 au Ghana, et qui peut être utilisée à la fois pour orienter la stratégie nationale de santé publique, mais aussi pour l’engagement et les réponses communautaires.

Bio : Le Dr Yaw Bediako est un immunologiste qui s’intéresse à l’étude de la fonction immunitaire des populations africaines afin de mieux aborder l’immunopathologie associée aux maladies infectieuses et non infectieuses de ces populations. Après avoir obtenu un doctorat à la Northwestern University de Chicago, le Dr Bediako a effectué des stages post-doctoraux dans le cadre du programme KEMRI-Wellcome Trust au Kenya et à l’Institut Francis Crick à Londres, qui visaient à comprendre les mécanismes immunologiques par lesquels l’immunité contre le paludisme est naturellement acquise et maintenue. En tant que chercheur au Centre ouest-africain de biologie cellulaire des pathogènes infectieux (WACCBIP) à Accra, au Ghana, le groupe de recherche du Dr Bediako travaille actuellement sur des projets qui incluent : L’exploration des mécanismes sous-jacents à l’acquisition de l’immunité naturellement acquise contre le paludisme ; L’identification des prédicteurs immunitaires de la progression du cancer du col de l’utérus associé au HPV dans le contexte de l’infection par le VIH ; L’étude des mécanismes de l’immunité cellulaire et humorale contre l’infection par le SRAS-CoV-2 parmi les populations africaines. Il est actuellement boursier du réseau africain Crick, membre du groupe consultatif eLife Early Career, membre affilié de l’Académie africaine des sciences et responsable de l’African Science Initiative, une plateforme de mise en réseau en ligne pour les jeunes scientifiques africains.

10.55 – 11.15
Titre : La plateforme opérationnelle régionale COVID-19 de l’OMS pour l’Afrique de l’Ouest et du Centre (AOC)

Intervenant : Dr. Mamadou Diallo, ACE-partner, mamadou.diallo1@ird.fr

Résumé : La plateforme opérationnelle régionale COVID-19 de l’OMS pour l’Afrique de l’Ouest et du Centre (AOC) soutient, coordonne et catalyse la réponse à l’épidémie. Parmi ses groupes de travail figure le groupe de recherche opérationnelle, coordonné par l’IRD et l’OMS. Il vise à améliorer la réponse à la pandémie de covid-19 dans la région AOC en intégrant la recherche opérationnelle par l’engagement des opérateurs de recherche, l’échange d’informations sur les recherches en cours et à venir, et le transfert de connaissances. Au cours de ma présentation, je parlerai du contexte de la création du groupe de recherche opérationnelle, de ses objectifs, de ses réalisations et de l’importance de sa collaboration avec les centres d’excellence africains.

Bio : Mamadou Diallo est le coordinateur scientifique du groupe de recherche opérationnelle de la plateforme COVID de l’OMS pour l’Afrique de l’Ouest et du Centre. Il est membre du projet ACE-partner et affilié à l’Institut de Recherche et de Développement (IRD) à Dakar. Ses travaux ont porté sur l’immunologie et l’épidémiologie des maladies infectieuses, notamment le paludisme, le VIH, les infections sexuellement transmissibles et le covid-19. Entre autres projets réalisés, le Dr Diallo a contribué à la création de la plateforme COVID de l’OMS pour l’Afrique de l’Ouest et du Centre https://www.ird.fr/covid-oms-aoc, à l’utilisation du traitement précoce du VIH comme méthode de prévention chez les travailleurs du sexe au Bénin, en Afrique de l’Ouest.

11.15 – 11.55
Discussions and Networking
All (40min)

11.55 – 12.00
Closing
DSTN Leader (5min)