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Epidémiologie moléculaire du SARS-CoV-2 dans les pays d’Afrique de l’Ouest : séquençage et analyses métagénomiques pour suivre l’évolution et la pathogenèse du virus

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L’expérience du SARS-CoV-2 en Afrique, en particulier en Afrique de l’Ouest, semble dévier de ce qui est observé ailleurs. Les cas ont tendance à être asymptomatiques ou légers. Il est donc impératif de comprendre les fondements biologiques de ces observations. Cette connaissance aurait un impact sur l’efficacité potentielle des thérapeutiques et vaccins surtout dans la région.

Une hypothèse est que cette différence de présentation peut être due aux différences de virus : interactions avec l’hôte en Afrique de l’Ouest entraînées en partie par les modèles d’expression des protéines dans les interfaces respiratoires. Deux des protéines hôtes ont déjà été impliquées comme étant importantes pour le SRAS-CoV-2 infection; enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE-2) et sérine transmembranaire Protéase 2 (TMPRSS2).

Il est important de détecter les polymorphismes de ces protéines à travers nos participants, ainsi que de déterminer s’il y a un hôte non identifié auparavant protéines impliquées dans l’infection par le SARS-CoV-2. En particulier, connaissant le génotype viral comme ainsi que des modèles d’expression spécifiques au niveau du virus : l’interphase de l’hôte aiderait à choisir lequel des nombreux candidats vaccins susciterait des réponses de l’hôte qui bloquer ces interactions.
Cette étude mettrait également en évidence s’il est nécessaire de concevoir un nouveau candidat qui pourrait être plus spécifique au COVID-19 ouest-africain, ainsi qu’ouvrir de nouvelles voies pour des thérapies ciblées.

Le besoin d’une étude de cette nature est accrue par le spectre des nouveaux variants circulants et hautement transmissibles du SARS-CoV-2, P.1(variant brésilienne), B.1.1.7 (variant britannique) et B1.351 (variant SA), qui est que l’on trouve également dans la région. Cette étude permettrait de mieux comprendre : le niveau de ces variants, les dynamiques de transmission, leurs changements au cours de l’échantillonnage, et de fournir des informations sur leurs interactions avec les protéines hôtes.

Partenaires impliqués:

  • WACCBIP
  • ACEGID
  • ACEPHAP
  • ITECH-MTV
  • ACEMFS
  • ACENTDFB
  • CEA-PCMT

Chercheurs principaux 

  • Dr. Peter Quashie, WACCBIP
  • Dr. Onikepe Folarin, ACEGID

Source(s) de financement : WANIDA et contributions des centre impliqués

Pour plus d’informations : olivia.koupaki@ird.fr

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